BPBPI telah melakukan akreditasi ulang pranata litbang sesuai dengan pedoman KNAPPP 02:2007 dan sekaligus surveilen tahun 2009 dengan 10 ruang lingkup, yang meliputi : diagnostic application, transgenesis, genetic engineering, enzyme technology, biotechnology, post harvest technology, plant improvement, plant growth and development, plant protection, and fertilizer and agrochemical application.
Dengan akreditasi ini BPBPI diakui statusnya sebagai lembaga penelitian yang kompeten sesuai ruang lingkup kegiatannya. Akreditasi ini berlaku dari Desember 2009 sampai dengan Desember 2012.
